Bundesweit erreichen nur knapp 40 Prozent aller Seen die Ziele der EU-Wasserrahmenrichtlinie. Diese Ziele gelten dann als erfüllt, wenn sich in einem See, die für ihn typischen, natürlicherweise vorkommenden Gemeinschaften von Fischen, Pflanzen und Kleinstlebewesen ausbilden. Diesen Zustand bezeichnet die Richtlinie als gut oder sehr gut. 52 Prozent der tiefen, nährstoffarmen Seen Norddeutschlands erreichen diesen Zustand bereits heute. Von allen anderen in Norddeutschland vorkommenden Seentypen kann keiner so gut bewertet werden. Dessen positives Gesamtbild wird durch einen guten chemischen Zustand und eine – im Vergleich zu anderen Seen – geringe Nährstoffbelastung abgerundet. Dass dieser Seentyp im Verhältnis zu anderen Seen überdurchschnittlich gut abschneidet, ist dem günstigen Verhältnis zwischen Einzugsgebietsgröße, Wasservolumen, Kalkgehalt und Seebeckentiefe geschuldet. Nährstoffe werden dadurch weniger stark eingetragen. Gelangen sie dennoch in den See, wird zwar das Wachstum von kleinsten Algen, dem Phytoplankton, angestoßen. Dessen Masse bleibt aber so gering, dass ihr Abbau den Sauerstoffgehalt des Wassers nicht übermäßig beansprucht. Phytoplankton und Nährstoffe werden dann zusammen am Gewässerboden abgelagert und damit dem Nährstoffkreislauf entzogen. Wenn dieser effektive Selbstreinigungsprozess funktioniert, bildet sich eine typische Tier- und Pflanzengemeinschaft mit Armleuchteralgen, Wasserinsekten und Fischen, wie Kleine Maräne, Barsch und Hecht.
Aufgrund der guten Wasserqualität sind viele dieser Seen auch ideal zum Baden und Tauchen. Aber auch Freizeitschiffer fahren hier mit Kanus und Kleinmotorbooten und nutzen, dass viele der branden- und mecklenburgischen Seen über Oder, Havel und Elbe schiffbare Verbindungen zu Ost- und Nordsee haben.
Bei rund der Hälfte der „tiefen und nährstoffarmen Seen“ besteht aber weiter Handlungsbedarf. Zum Beispiel dort, wo die günstigen naturräumlichen Gegebenheiten nicht mehr ausreichen, einen übermäßig hohen Nährstoffeintrag aus dem Einzugsgebiet zu kompensieren. In dessen Folge starkes Wachstum von Algen auftritt und das Wasser getrübt wird. Nährstoffeinträge aus kommunalen Abwässern und Landwirtschaftsbetrieben können jedoch wirkungsvoll durch Kläranlagen und Ringkanalisationen um die Seen gemindert werden. Dadurch werden auch Einträge von Krankheitserregern reduziert. Problematisch können auch bauliche Veränderungen natürlicher Ufer zum Beispiel für Promenaden, Badegewässer und Bootsanleger sein.
Bekannte Vertreter dieses Seentyps sind zum Beispiel der Große Stechlinsee, der Wandlitzsee und der Werbellinsee in Brandenburg, der Breite und der Schmale Luzin sowie der Schweriner See in Mecklenburg-Vorpommern, der Schöhsee und der Plöner See in Schleswig Holstein sowie der Arendsee in Sachsen-Anhalt.
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