Seit 1999 wird das APUG vom Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, nukleare Sicherheit und Verbraucherschutz (BMUV) und vom Bundesministerium für Gesundheit (BMG), seit 2002 auch vom Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL) getragen. Im APUG arbeiten eine Reihe von Behörden mit, die diesen Ministerien nachgeordnet sind.