Schuld am nur „mäßigen“ bis „unbefriedigenden“ ökologischen Zustand sind die oft zu hohen Nährstoffbelastungen, Schadstoffe und Müll. Nährstoffe landen über Flüsse und die Luft aus landwirtschaftlich genutzten Flächen im Meer. Die Folge sind häufigere Algenblüten, die zu einer Abnahme von Seegras und zu einer Zunahme von fädigen Grünalgen und zu Sauerstoffmangel führen können. Durch einen verantwortungsvollen Umgang mit Düngemitteln ließen sie sich aber soweit reduzieren, dass ein „guter“ ökologischer Zustand möglich wäre.
Müll gelangt über Flüsse, aber auch direkt, zum Beispiel durch Touristen, die Fischerei oder den Schiffsverkehr ins Wattenmeer und bedroht so eine beeindruckende Tier- und Pflanzenwelt. Das salzreiche Wattenmeer gilt als vogelreichstes Gebiet Europas: Der Säbelschnäbler beispielsweise ist mit etwa 11.000 Paaren ein sehr häufig zu beobachtender Vogel im Wattenmeer. Seine Nahrung erbeutet er durch das arttypische „Säbeln“, eine mähende Bewegung seines nach oben gebogenen Schnabels. Auch der Bäumchenröhrenwurm, die Gezeiten Seepocke und das Zwergseegras sind anzutreffen. Völlig zu Recht steht das Wattenmeer unter nationalem und internationalem Schutz: Es ist UNESCO Weltnaturerbe und als ein wichtiger Naturraum Deutschlands auch Nationalpark.
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