Im Vergleich zu anderen Fließgewässertypen Deutschlands weisen die Fließgewässer des südlichen Alpenvorlandes einen hohen Anteil an Gewässerstrecken mit einem guten ökologischen Zustand auf. Bundesweit sind es nur knapp 10 Prozent, die diese Zielvorgabe der Wasserrahmenrichtlinie erreichen, bei den Fließgewässern des südlichen Alpenvorlandes liegt der Anteil dagegen bei 57 Prozent. Weitere 35 Prozent der Strecken dieses Gewässertyps befinden sich in einem mäßigen ökologischen Zustand und sind damit nah am Erreichen des Ziels. Die letzten 8 Prozent sind mit einem unbefriedigenden ökologischen Zustand noch etwas weiter entfernt. Beste und schlechteste Bewertungen („sehr gut“ und „schlecht“) treten dagegen nicht auf.
Das gute Gesamtbild dieses Gewässertyps wird durch einen chemisch guten Zustand und eine, im Vergleich zu anderen Gewässern, geringe Nährstoffbelastung untermauert. Dennoch unterliegen auch die Gewässer des südlichen Alpenvorlandes einer Reihe von Belastungen: in den vergangenen Jahrhunderten wurden sie für die Energieerzeugung, die Besiedlung und die Land- und Forstwirtschaft nutzbar gemacht sowie mit Hochwasserschutzanlagen versehen. Um Wasserkraft nutzen zu können, wird streckenweise Wasser aus den Flüssen und Bächen ausgeleitet. Zum großen Teil wird das Erreichen eines guten ökologischen Zustands durch den Mangel an vielfältig gestalteten Lebensräumen und der biologischen Durchgängigkeit der Fließgewässer verhindert. Um die Qualität der Gewässer zu erhöhen und sie wieder erlebbarer zu machen, müssen die Lebensräume (Habitate) im und am Gewässer verbessert werden, z.B. indem Uferbefestigungen zurückgebaut und Kieslaichplätze gefördert werden oder die Durchgängigkeit an Stau- und Wasserkraftanlagen wiederhergestellt wird.
Rund 2.400 Kilometer der insgesamt 127.000 km Fließgewässerstrecke in Deutschland zählen zu den Bächen und Flüssen des südlichen Alpenvorlandes, das sind rund 1,9 Prozent. Gewässer dieses Typs sind charakteristisch für das eiszeitlich geprägte Alpenvorland mit den großen bekannten Seen der Voralpen, wie Bodensee, Starnberger See, Ammersee oder Chiemsee. Vertreter dieses Typs sind die Zuflüsse zum Ammersee, viele Bäche und kleine Flüsse um z.B. Kempten und Rosenheim wie die Attel oder der Unterlauf der Loisach sowie die Bodenseezuflüsse Argen und Schussen. Typisch sind zum einen Strecken in Kerbtälern mit Mittelgebirgscharakter, in denen das Wasser schnell zwischen Steinen und Kieseln strömt, zum anderen stark gewundene Abschnitte in Niederungen mit langsamer Strömung und sandiger Sohle. Die Bäche und Flüsse des südlichen Alpenvorlandes sind die typische Heimat vieler Vögel, Fische und Insekten, so z.B. des Flussuferläufers, des Strömers und der Zweigestreiften Quelljungfer.
