Die neue EU-Emissionshandelsrichtlinie schreibt vor, dass der Luftverkehr ab 2012 in den Emissionshandel der Europäischen Union einbezogen wird; die Berichtspflichten betreffen bereits das Jahr 2010. Von dieser Erweiterung des Emissionshandels betroffen sind grundsätzlich alle Betreiber, deren Luftfahrzeuge in der Europäischen Union starten oder landen. Zukünftig gilt wie auch bei bestimmten Energie- und Industrieanlagen: Luftfahrzeugbetreiber müssen jährlich Emissionsberichte vorlegen und - erstmalig für das Jahr 2012 - Emissionsberechtigungen (Zertifikate) in Höhe ihrer tatsächlichen Kohlendioxidemissionen abgeben.
Das Treibhausgas-Emissionshandelsgesetz (TEHG) regelt die Infrastruktur für das europäische Emissionshandelssystem in Deutschland. Am 22. Juli 2009 trat eine Änderung des Gesetzes in Kraft. Zusammen mit der Datenerhebungsverordnung 2020 (DEV 2020) vom 25. Juli 2009 ist die TEHG-Änderung die rechtliche Grundlage für die Datenerhebung zur Einbeziehung des Flugverkehrs in den Emissionshandel. Die DEV 2020 legt unter anderem die Frist zum Einreichen der Monitoringkonzepte bei der DEHSt fest: Sie endet sechs Wochen nachdem die Liste der Deutschland zugeordneten Luftfahrzeugbetreiber (Verwaltungsmitgliedstaatenliste) veröffentlicht wurde. Derzeit erarbeitet die Europäische Kommission die Liste. Mit der Veröffentlichung wird im August gerechnet, so dass die Frist voraussichtlich im September/Oktober enden wird. Die DEHSt sichert allen Betreibern, die ihre Monitoringkonzepte bereits bis zum 31. August 2009 vorlegen, einen Bescheid noch im laufenden Jahr zu. Zur Unterstützung der Betreiber stellt die DEHSt zahlreiche Informationen und Hilfsmittel - wie zum Beispiel Muster-Monitoringkonzepte - auf ihrer Homepage zur Verfügung.
Die Deutsche Emissionshandelsstelle (DEHSt) im Umweltbundesamt ist die zuständige nationale Behörde in Deutschland für die Umsetzung des europaweiten Emissionshandels für stationäre Anlagen ebenso wie für den Luftverkehr. Zu ihren Aufgaben gehören die Zuteilung und Ausgabe der Emissionsberechtigungen, die Prüfung der Emissionsberichte sowie die Führung des Emissionshandelsregisters.