Lebensmittelkontrollen
In Deutschland wird die Verkehrsfähigkeit und Unbedenklichkeit von Lebensmitteln regelmäßig durch gezielte Probennahmen kontrolliert. Im Rahmen der amtlichen Lebensmittelüberwachung entwickeln die Länder in ihren zuständigen Ministerien Untersuchungsprogramme, die durch bundesweite Kontrollprogramme wie beispielsweise das Lebensmittelmonitoring oder den Bundesweiten Überwachungsplan ergänzt und von den Lebensmittelüberwachungs- und Veterinärämtern in Städten und Kreisen umgesetzt werden.
Fachkräfte aus der Lebensmittelchemie, der Veterinärmedizin und weiteren Disziplinen untersuchen so jährlich rund 400.000 Proben aus Verarbeitungs- und Gastronomiebetrieben, dem Einzelhandel sowie von Grenzkontrollstellen. Grundlage für die Zahl und Auswahl der Stichproben sind eine detaillierte Risikoanalyse sowie konkrete Verdachts- oder Problemfälle.

Kontrollen im Ökologischen Landbau
Mit der Erzeugung und Vermarktung von Bio-Lebensmitteln gehen strenge Kontrollen nach den EU-Rechtsvorschriften für den Ökologischen Landbau einher. In Deutschland besteht für diese Kontrollen ein staatlich überwachtes privates System. Im Rahmen dessen prüfen private, staatlich zugelassene Kontrollstellen in jedem Betrieb unter ihrer Aufsicht mindestens einmal jährlich die Einhaltung der entsprechenden Vorschriften für den Ökolandbau. Die Kontrollstellen unterliegen dabei der Überwachung durch die Landesbehörden und sind selbst Gegenstand stichprobenartiger Überprüfungsprozesse.
Ökologisch wirtschaftende Landwirtschaftsbetriebe und andere zu prüfende Unternehmen, unter anderem aus den Bereichen Verarbeitung, Vertrieb und Handel, schließen einen Kontrollvertrag mit einer zugelassenen Kontrollstelle. Darin verpflichten sie sich zur Einhaltung der EU-Vorschriften und erklären sich mit dem Kontrollprogramm einverstanden. Dieses sieht in der Regel Verfahrenskontrollen vor, seltener ist auch eine Überprüfung der Endprodukte erforderlich. In Einzelfällen, beispielsweise bei erhöhtem Risiko oder begründetem Verdacht, werden zusätzliche Boden- und Pflanzenproben entnommen oder Rückstandsanalysen durchgeführt.

Kontrollen der Konditionalität
Im Rahmen der Konditionalität ist die Zahlung bestimmter EU-Agrarzahlungen an die Einhaltung von Verpflichtungen aus anderen Bereichen, beispielsweise dem Umweltschutz, dem Tierwohl oder der menschlichen Gesundheit gekoppelt. Kontrollen erfolgen durch die zuständigen Behörden, darunter Veterinärämter oder Naturschutzbehörden, als Stichproben bei rund 1 Prozent der Zahlungsempfangenden. Verstöße gegen die Auflagen ziehen je nach Schwere, Ausmaß und Dauer Zahlungskürzungen nach sich.

Pflanzenschutzrechtliche Kontrollen
Die zuständigen Behörden für die Kontrolle des korrekten Einsatzes von Pflanzenschutzmitteln sind in Deutschland die Pflanzenschutzdienste der Länder. Unterstützend beteiligt sich auf Bundesebene das Bundesamt für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (BVL) an der Überwachung. Kontrolliert werden die Einfuhr, die Herstellung, die Lagerung, der Verkauf und die Anwendung von Pflanzenschutzmitteln.
Um die Arbeit der einzelnen Behörden zu harmonisieren, besteht in der Arbeitsgemeinschaft Pflanzenschutzmittelkontrolle (AG PMK) ein Zusammenschluss der Landesbehörden, bei dem im regelmäßigen Austausch das Überwachungsprogramm abgestimmt und einheitliche Kontrollstandards definiert werden.

Düngemittelverkehrskontrolle
Aufgabe der amtlichen Düngemittelverkehrskontrolle ist die Überprüfung, ob die rechtlichen nationalen und europäischen Vorgaben bei der Herstellung, dem Handel und der Anwendung von Düngemitteln eingehalten werden. Neben der Prüfung korrekter Nährstoffgehalte und Kennzeichnungen von Düngemitteln, steht im Fokus, die gute fachliche Praxis beim Düngemitteleinsatz sicherzustellen. Dazu erfolgen regelmäßig unangekündigte Betriebsprüfungen mit Probennahmen, Kennzeichnungskontrollen und Dokumenteneinsicht.
Der Art und Häufigkeit der durchgeführten Prüfungen liegen verschiedene Faktoren einer Risikoabschätzung zugrunde. So werden beispielsweise Betriebe mit einem hohen Düngemittelumsatz häufiger kontrolliert. Durchgeführt werden die Kontrollen von geschultem Personal der jeweils zuständigen Landesbehörden.
